Churruca, nacido en Motrico, Guipúzcoa, era familia del al migrante Antonio de Gaztañeta que fue el que le animó a dejar los hábitos religiosos y entrar en la Armada, caso poco antes de la batalla de Trafalgar con Dolores Ruiz de Apodaca, sobrina del virrey de Nueva España.
La Armada en aquellas fechas de 1805 estaba afectada por los problemas financieros de su Deuda Pública Exterior Española con lo que estaba muy mal dotada, en recursos, de dinero, de suministros y de medios humanos, durante el reinado de Carlos IV y su valido Godoy, el cual sirvió más lealmente a Napoleón que a la Corona Española.
Napoleón ideó una estrategia para invadir Inglaterra, consistía en fingir un ataque naval combinado en América, para desplazar la flota británica del Canal de la Mancha, volviendo la flota rápidamente a la invasión al Reino Unido, desde Francia, plan que fracasó por la impericia del almirante francés Vileneuve, que encerró la flota combinada en Cadiz y no fue al Canal desde América. El fracaso del plan de invasión de Inglaterra enfureció a Napoleón y se dispuso la sustitución de Vileneuve, conocedor este de la decisión de sustituirle, convocó un consejo de guerra en Cadiz, los españoles tenían la Armada bajo mínimos y se oponían a enfrentarse en esas condiciones con Nelsón, que mandaba la flota enemiga, hubo acusaciones de falta de valor e incluso desafíos entre españoles y franceses, Alcalá Galiano desafió en duelo al vicealmirante francés para después de la batalla, pero Garabina aceptó por orgullo y por la presión de Godoy, tan en mínimos estaba la Armada Española que tuvo que hacerse una leva de recluta forzosa antes de salir, con marinos sin experiencia y artilleros sin preparación, con borrachos, presos y gente de la calle para cubrir las dotaciones de los barcos.
El enfrentamiento se planteó de forma tradicional con formación en línea, por la flota combinada que estaba a sotavento del viento, mostrando la artillería de babor al enemigo. Los británicos en cambio mostraron dos formaciones de columnas paralelas que aparecieron por barlovento,con la proa al viento con la intención de entrar por el centro de la combinada y partirla en dos. La formación abierta de la combinada, en media luna y a distancia podía haber hecho mucho daño a las columnas británicas que tenían una amura de estribor o babor inservible para el enfrentamiento, pero que cuando entrasen por el centro harían mucho daño, pero Vileneuve ordenó virar a de orza a su flota de ceñida de babor para poder retroceder hacia Cadiz, aprovechando el barlovento, lo que creó un desbarajuste en la línea combinada, dejando el centro desprotegido ante el avance al centro de las dos columnas paralelas británicas, permitió la incursión y la utilización de todas sus piezas artilleras de los dos lados a la vez, vendiendo el centro en batalla y dividiendo la flota combinada, el San Juan Nepomuceno que iba en el centro de la combinada y en la división de observación, quedó vendido al pasar por proa y popa las dos columnas, que dividieron la fránco-española, sin poder intervenir las alas de la combinada y destrozando el centro por fuego de babor y de estribor de la flota británica.
El capitán del San Juan Nepomuceno, Churruca fue lucido, observando la desastrosa maniobra ordenada por Vileneave, clavó la bandera y mandó no rendirse, pronto estuvo enfrentándose al fuego de artillería de seis navíos enemigos. Una bala de cañón le arrancó de cuajo una pierna, sin embargo permaneció de pié erguido en un barril de arena, para sujetarse, pero al poco fallecía Churruca desangrado y ante el intenso cañoneo de los seis navíos enemigos, con la mayor parte de los tripulantes muertos, con muchos otros con graves heridos y desarbolado el navío, el San Juan Nepomuceno rindió su bandera, una vez ya muerto su heroico capitán Cosme Damian Churruca.
El heroico barco fue llevado a Gibraltar y mostrado como trofeo de la épica batalla del barco y de su capitán. En la mala gestión que se hizo de nuestra Armada en esta época y en este hecho en particular es donde hay que encontrar la crisis de nuestra primera idea global de la hermandad hispana, pues sin Armada fue prácticamente imposible mantener aquel principio universal común, sobreviniendo aquella disgregación irracional hispana del siglo XIX.